La Iglesia de San Justo y Pastor se encuentra en la Plaza de la Universidad y en uno de los enclaves más bonitos de la ciudad, junto a la vía sacra que viene a unir la Catedral de Granada con el Monasterio de San Jerónimo.

En septiembre de 1554, todavía en vida de San Ignacio, la Compañía de Jesús abre un colegio en Granada, que se transformará a finales del siglo XVI en una de las más importantes instituciones universitarias de esta ciudad: el Colegio de San Pablo. En él se establecieron las cátedras de Lógica, Filosofía y Teología, y posteriormente se promovió la fundación del Colegio de los Santos Apóstoles Bartolomé y Santiago.

El 26 de marzo de 1575 el arzobispo Pedro guerrero coloca la primera piedra de la iglesia de la Conversión de san Pablo, conocida hoy como iglesia parroquial de los santos Justo y Pastor.

Esta iglesia, junto al colegio de San Pablo (antigua Universidad de Granada) y el colegio mayor San Bartolomé y Santiago, forman un conjunto armónico con orígenes comunes. Los tres edificios tuvieron un papel relevante en la vida del P. Zegrí.

Concretamente, la iglesia de los Santos Justo y Pastor fue el lugar donde Juan Nepomuceno Zegrí recibió el sacramento de la confirmación, el 12 de noviembre de 1848.